Jonathan Millet étudie la philosophie puis part plusieurs années filmer des pays lointains (Soudan, Pakistan, Colombie, Iran…). Il réalise ensuite des courts métrages de fiction, notamment Old Love Desert, Et toujours nous marcherons, et La Veillée, sélectionnés dans de nombreux festivals. Il réalise également un premier long métrage documentaire, Ceuta, douce prison, sorti au cinéma en 2014, puis Dernières nouvelles des étoiles en 2018.
En 2020, il réalise trois nouveaux courts métrages, Les Dominos, La Disparition et Grand Huit. Actuellement, il est en cours de développement de son premier long métrage de fiction, intitulé Les Fantômes, et d’un documentaire au cœur d’un centre de soins post-traumatiques, Les Corps d’Osiris.